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H7N9流感疫情趨緩、迄今未有本土病例傳出，疫情指揮中心4月11日停止運作，H7N9流感的各項監測及防治措施，回歸常態機制。

衛生福利部疾病管制署表示，迄今累計通報574例H7N9流感病例，僅二例確定病例，且皆為中國大陸移入。H7N9流感中央流行疫情指揮中心4月11日經行政院同意停止運作，回歸常態機制，由行政院禽流感及重大人畜共通傳染病防治聯繫會議，」繼續掌握與辦理協調工作，確保國人健康。

H7N9流感中央流行疫情指揮中心，是因應中國大陸去年三月底發生H7N9流感疫情，由行政院依傳染病防治法同意，去年4月3日成立，由疾管署署長張峰義統籌跨部會資源設備及人員，去年3月至5月爆發第一波疫情時，實施傳統市場活禽禁宰/禁販等政策因應，指揮中心共運作374天。